Johannes Peer wurde in Ladis/Tirol geboren. Nach seiner Ausbildung zum Blechblasinstrumentenmacher begann er das Trompeten-Studium am Konservatorium in Innsbruck.
Ab 1984 studierte Hannes Peer an der Musikhochschule in Wien - sein Diplom schloss er mit Auszeichnung und Würdigungspreis ab. Bereits während seines Studiums substituierte Johannes Peer beim ORF Symphonieorchester, beim Tonkünstlerorchester und beim Bühnenorchester der Bundestheater. Weiters war er viele Jahre Mitglied beim Ensemble Pro Brass.
Johannes Peer ist seit November 1986 Mitglied des Bruckner Orchester Linz.
